Vesikaivokoneiden puhdistusmenetelmiä ovat pääasiassa fyysinen huuhtelu, mekaaninen ruoppaus ja pneumaattinen isku. Perusperiaatteena on poistaa sedimentti, liete ja biofilmi kaivon seinämistä ja pohjasta fyysisellä voimalla.
Männän imumenetelmä: Erityisesti suunniteltu mäntä liikkuu nopeasti ylös ja alas kaivon kotelon sisällä luoden vahvan vedenpaine-eron sedimentin poistamiseksi. Tämä menetelmä soveltuu keskisyville ja syville kaivoille, ja se hajottaa tehokkaasti kaivon seinämien mutakerroksen ja puhdistaa pohjavesikerroksen.
Korkeapaineinen-vesipistoolin huuhtelu: Korkeapaineisen-painevesivirran (6–8 MPa) käyttäminen kaivon seinämien huuhteluun, sopii matalille kaivoille (noin 20 metriä) lieteen ja kerrostumien poistamiseen. Sitä voidaan käyttää yhdessä uppopumpun kanssa kiertohuuhtelussa, kunnes vesi on kirkasta.
Ilmakompressorin huuhtelu (paineilmakaivon pesu): Korkeapaineinen{0}}ilmavirta työntää välittömästi vesipatsaan kaivon kotelosta käyttämällä rekyylivoimaa epäpuhtauksien poistamiseen. Erityisen tehokas yli 30 metrin syviin kaivoihin. Tämä menetelmä häiritsee perusteellisesti sedimenttiä kaivossa ja parantaa puhdistustehoa.
Mekaaninen pesumenetelmä: Tämä menetelmä käyttää mekaanista harjaspäätä tai kaavinta pyörimään ja hankaamaan kaivon seinämää pitkin kiinnittyneen hilseen, rautabakteerien ja biofilmin poistamiseksi. Syvissä kaivoissa voidaan käyttää kauko-ohjainlaitteita tai alas--linjan puhdistustyökaluja (kuten kaivonmittareita, hiomajyrsimiä jne.).
